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Creo que es un programa clásico hacer el efecto Blink, equivale al “Hola Mundo” en los microcontroladores, se puede hacer de varias formas, te mostraré cada una, algunas son fáciles y otras más complejas, pero todas llegan a lo mismo. Este es el esquema del circuito que será necesario:

Primera forma:

El siguiente código es para un blink indicando el encendido y el apagado del pin.

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#include <avr/io.h>
#include <util/delay.h>

int main(void) {
    // Configure internal clock:
    CCP = CCP_IOREG_gc;                         // Disable Configuration Change Protected register.
    CLKCTRL.OSCHFCTRLA = CLKCTRL_FRQSEL_24M_gc; // Configure to 24Mhz.

    // Configure LED on PA6:
    PORTA.DIRSET = PIN6_bm;

    while (1) {
        PORTA.OUTSET = PIN6_bm;
        _delay_ms(1000);

        PORTA.OUTCLR = PIN6_bm;
        _delay_ms(1000);
    }
}

Segunda forma:

Podemos mejorar el código haciendo uso de un registro especial llamado OUTTGL que hace de toggle:

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#include <avr/io.h>
#include <util/delay.h>

int main(void) {
    // Configure internal clock:
    CCP = CCP_IOREG_gc;                         // Disable Configuration Change Protected register.
    CLKCTRL.OSCHFCTRLA = CLKCTRL_FRQSEL_24M_gc; // Configure to 24Mhz.

    // Configure LED on PA6:
    PORTA.DIRSET = PIN6_bm;

    while (1) {
        PORTA.OUTTGL = PIN6_bm;
        _delay_ms(1000);
    }
}

Tercera forma:

Usaremos el timer/counter A (TCA) para lograr el mismo efecto, esta funcionalidad NO tiene acceso al pin PA6, pero sí al pin PA0. No se usa la estructura while, ni tampoco la función _delay_ms. Los tiempos se calculan, ya lo verás.

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#include <avr/io.h>

int main(void) {
    // Configure internal clock:
    CCP = CCP_IOREG_gc;                         // Disable Configuration Change Protected register.
    CLKCTRL.OSCHFCTRLA = CLKCTRL_FRQSEL_24M_gc; // Configure to 24Mhz.

    // Configure LED on PA0:
    PORTA.DIRSET = PIN0_bm;

    // Configure timer/counter A:
    TCA0.SINGLE.CTRLB = TCA_SINGLE_WGMODE_FRQ_gc | TCA_SINGLE_CMP0EN_bm;
    TCA0.SINGLE.CTRLA = TCA_SINGLE_CLKSEL_DIV1024_gc | TCA_SINGLE_ENABLE_bm;
    TCA0.SINGLE.CMP0 = 23436;

    while (1) {}
}

Si buscamos encender durante un segundo y apagar durante otro segundo, esto quiere decir que es una frecuencia de 0.5Hz, por lo que el período es de 2 segundos, cada 1/2 ciclo ó semiperíodo equivale a un segundo. Cómo ambos semiperíodo duran el mismo tiempo se dice que tiene duty del 50%.

Si observas el código, verás un parámetro llamado TCA_SINGLE_CLKSEL_DIV1024_gc que define un preescalado de 1024. Y tu reloj interno está configurado a 24MHz (24.000.000 Hz). Con los valores identificados y con la siguiente fórmula podrás calcular el valor del comparador TCA0.SINGLE.CMP0 para definir el tiempo de espera que permite generar la frecuencia deseada.

Cómo estamos usando el timer/counter A de varios que tiene el microcontrolador, este tiene una resolución de 16-bit, quiere decir que el contador va desde el 0 hasta 65535 (216 − 1). Cada vez que se cuenta, hay un comparador CMP0 que verifica si el valor es igual al definido 23436 y al cumplir la condición el contador vuelve a cero (0).

Ahora que tenemos todo el contexto, necesitamos que el contador se reinicie cada medio ciclo (semiperíodo):

Para comprobar los cálculos:

Compilar y subirlo

Para compilarlo deberá ejecutar el siguiente comando:

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avr-gcc -mmcu=avr128da28 \
	-DF_CPU=24000000UL \
	-g -Os -std=gnu99 -Wall -o main.elf *.c
avr-objcopy -O ihex  main.elf main.hex

Para subir el programa al microcontrolador, deberá ejecutar el siguiente comando:

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avrdude -c serialupdi -p avr128da28 -P /dev/tty.usbserial-2110 -e -F

Si todo fue bien, podrá disfrutar del led parpadeando.

Troubleshooting

Si al usar avrdude para compilar aparece el siguiente mensaje de error:

avr-gcc: fatal error: cannot read spec file 'device-specs/specs-avr128da28': No such file or directory

Posiblemente, no tengas instalada la versión más resiente que incorpora las librerías de la familia AVR Dx.